Közös Titkárságok:
Jelenleg összesen öt INTERREG CBC program – külföldi munkatársakat is foglalkoztató – Közös Titkársága működik a Társaság keretében. A Közös Titkárságok biztosítják a programok folyamatos működését a tervezési fázistól a pályáztatáson és végrehajtáson át egészen a programzárásig. Előkészítik és koordinálják a pályázati kiírásokat, a végrehajtási fázisban pedig működtetik a támogatásban részesülő projektek jelentéstételi rendszerét. A pályázók és a kedvezményezettek minél szélesebb körű és hatékony tájékoztatása érdekében a Közös Titkárságok gondoskodnak a programszintű honlapok naprakész működtetéséről, hírleveleket, kiadványokat készítenek, továbbá partnerkereső fórumokat, szakmai konferenciákat, információs napokat, vezető kedvezményezett és egyéb szemináriumokat szerveznek.
Kapcsolódó nemzeti feladatok ellátása:
A 2021-2027-es programozási időszakban a Nemzetközi Igazgatóság 11 együttműködési programban (határon átnyúló együttműködési, transznacionális és interregionális programok) látja el a hitelesítési és a kapcsolódó egyéb nemzeti szintű feladatokat a vonatkozó jogszabályokkal összhangban. A hitelesítési tevékenység magában foglalja a területi együttműködési programokban résztvevő hazai partnerek jelentéseinek kockázatelemzésen alapuló mintavételes ellenőrzését, a nemzeti szabályok szerinti helyszíni ellenőrzéseket, valamint a hitelesítési nyilatkozatok elkészítését. A hitelesítési feladatok mellett ide tartozik a hazai társfinanszírozási és az uniós források megelőlegezésére vonatkozó támogatói okiratok előkészítése és kiállítása a magyar kedvezményezettek vonatkozásában.
Horizontális menedzsment feladatok:
A Nemzetközi Igazgatóság keretein belül ún. horizontális menedzsment egységek biztosítják – többek közt - az egyes programok IT rendszereinek (INTERREG+, illetve NAHU rendszerek) zavartalan működtetését, illetve a programok végrehajtását támogató szabályozási és kifizetési feladatok ellátását. Ezen rendszerek keretében zajlik a programokhoz kötődő egyes végrehajtási, monitoring és pénzügyi folyamatok lebonyolítása. Az INTERREG+ rendszer elektronikus online felületein keresztül nyújtják be nemzetközi szinten a pályázók pályázataikat, a vezető kedvezményezettek a projektszintű jelentéseiket, illetve nemzeti szinten a partnerek a projektpartneri elszámolásokat. A NAHU rendszer pedig a nemzeti szintű pénzügyi, lebonyolítási folyamatokat támogatja.
A Nemzetközi Igazgatóság ellátja továbbá az Interreg VI-A Ausztria-Magyarország Együttműködési Programban a Regionális Koordinátori feladatokat, az Interreg VI-A Szlovénia-Magyarország Együttműködési Programban az Információs Pont feladatokat, továbbá az Interreg VI-A Románia-Magyarország Együttműködési Program négy Információs Pontjának működtetését.
Egyéb nemzetközi feladatok:
A fentieken túl a Nemzetközi Igazgatóság ellátja a Svájci-Magyar Együttműködési Program (második szakasz) közreműködő szervezeti feladatait.