A transznacionális együttműködések keretében az egy területi egységként értelmezhető, több országra kiterjedő térségek intézményei közösen keresnek megoldásokat az őket érintő problémákra, amely hatékonyabb megoldást nyújt ahhoz képest, mintha az adott ügyet a programban résztvevő partnerek külön-külön, nemzeti szinten kívánnák megoldani. A transznacionális programok vonatkozásában a kilenc tagországot magában foglaló Közép-Európai (Interreg Central Europe) együttműködési programban és a földrajzilag igen kiterjedt, 14 partnerországot magába foglaló Duna Transznacionális Programban vagyunk érintettek, utóbbiban a programvégrehajtó intézményeknek Magyarország ad otthont.
